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외국에 등록되었지만 국내에는 미등록된 특허를 국내에서 사용하면 과세 대상이 될까? 최근 대법원 판결을 통해 특허 사용료 국내원천소득 판단 기준을 정리합니다.
1. 사건 개요와 분쟁 배경
미국 옵토도트는 삼성SDI와 특허 20건에 대한 라이선스 계약을 체결하였습니다. 이 중 19건은 국내 미등록된 해외 등록 특허였습니다. 삼성SDI는 특허 사용료 약 33억원을 지급하며 법인세를 원천징수하였습니다.
옵토도트는 해외 특허 사용료는 국내원천소득이 아니라며 환급을 청구하였습니다. 이로 인해 과세 기준을 둘러싼 분쟁이 발생하였습니다.
2. 하급심 판단
1심과 2심은 해외 등록 특허는 국내에서 사용된 것으로 보기 어렵다고 판단하였습니다. 특허 사용료는 특허가 등록된 국가 기준으로 판단해야 한다고 보았습니다.
따라서 해당 사용료는 국내원천소득이 아니라고 해석하였습니다. 이에 따라 옵토도트가 모두 승소하였습니다. 하급심은 실제 사용 여부에 대한 심리를 제한적으로 하였습니다.
3. 대법원 판단
대법원은 지난해 9월 대법원 전원합의체가 내놓은 판례(대법원 2025.09.18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결)에 따라, 등록 여부보다 실제 사용 장소가 기준이라고 판시하였습니다. 국내 제조, 판매 과정에서 기술이 활용되었다면 과세 대상이 된다고 보았습니다.
한미조세협약에 사용 개념이 명확하지 않으므로 국내법 기준을 적용해야 한다고 판단하였습니다. 당시 법인세법은 사용지를 기준으로 국내원천소득을 판단하고 있었습니다. 이에 따라 원심을 파기환송하였습니다.
4. 기업과 권리자의 대응
해외 특허라도 국내 공정에 사용되면 과세 검토가 필수입니다. 라이선스 계약서에는 사용 범위와 사용 장소를 구체적으로 명시해야 합니다.
기술 적용 공정과 매출 발생 구조를 함께 정리해야 합니다. 원천징수 누락 시 추징과 가산세 위험이 발생할 수 있습니다. 특허와 세무를 함께 고려한 계약 구조 설계가 필요합니다.
외국 특허라도 국내에서 사용되면 과세 대상입니다. 특허 등록 국가 기준 판단은 더 이상 안전하지 않습니다. 해외 특허 라이선스 계약은 반드시 세무 리스크를 함께 검토해야 합니다.

